Согласно общих правил налогового законодательства, организации, в том числе индивидуальные предприниматели, выбравшие форму налогообложения в виде УСН, не признаются плательщиками НДС. В связи с чем, в процессе выполнения госконтракта не выставляют заказчику НДС (не выписывают счета-фактуры).

Согласно Федерального закона №44-ФЗ, контракты заключаются на условиях, изложенных в извещении, по наиболее оптимальной цене, предложенной претендентом.

Согласно положений указанного закона, в нем нет предписаний о корректировке цены соглашения по основанию различий системы налогообложения. В том случае, если участник торгов не является плательщиком НДС, при оформлении контракта в графе НДС ставится прочерк.

По факту оплаты поставленного товара (выполненных работ, оказанных услуг) не производится вычет НДС из цены соглашения, услуги исполнителя (поставщика) оплачиваются по цене, указанной в контракте. Указанная позиция изложена в постановлении Федерального арбитражного суда Северо-Западного округа от 25 августа 2010 г. № А05-20849/2009, а также в постановлении Двенадцатого арбитражного апелляционного суда от 17 июля 2014 г. N 12АП-5350/14.

Разъяснение Минфина России в письме от 02.02.2011г. № 03-07-07/02: «…при заключении контрактов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для муниципальных нужд с налогоплательщиками, применяющими упрощенную систему налогообложения и, соответственно, не являющимися налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, цену контракта следует рассчитывать без налога на добавленную стоимость…».